O Campo Arqueológico de Mértola colabora com diversas instituições e em diversos níveis de ensino para a formação nas áreas de História, Arqueologia e Património Cultural.

No âmbito do Ensino Superior, existem protocolos para leccionar em 2007-2009, conjuntamente com a Escola Universitária das Artes de Coimbra, um Curso de Mestrado em Intervenção em Centros Históricos de Pequenos e Médios Aglomerados, e, com as Universidades do Algarve, Évora, Granada (Espanha) e Meknés (Marrocos) um Curso de Mestrado sobre estudos Islâmicos e do Mediterrâneo.

No âmbito da Formação Profissional desenvolve diversas acções em colaboração com o Centro de Emprego e Formação Profissional (1992-93 Curso de Turismo Cultural - Nível V - e 1999-2000 Escola Oficina de Restauro de Cerâmica - Nível III -) e colabora regularmente com a Escola Profissional Bento de Jesus Caraça - Delegação de Mértola, desde a sua criação em 1992.

Desde Abril de 2008 o Campo Arqueológico de Mértola tem vindo a organizar Cursos Livres de formação nas mais diversas áreas, um primeiro dedicado à Zooarqueologia (com a colaboração do IGESPAR), e um segundo à Cerâmica Islâmica do al- Ândalus. Prevê-se a continuação destes cursos, cuja principal finalidade é a formação continua.