Foi na Alcáçova do Castelo de Mértola que se iniciaram os trabalhos do Campo Arqueológico de Mértola. Desde 1978 foram postos a descoberto uma densa necrópole da Baixa Idade Média, um intrincado bairro de época islâmica e um impressionante complexo religioso paleocristão que integra um criptopórtico, um baptistério do séc./VI e um interessante conjunto de mosaicos de forte influência bizantina.
Recentemente, esta zona tem sido alvo de um projecto de valorização e conservação, o qual irá permitir visitar todo o espaço a partir de um passadiço sobre - elevado.

Por motivo das obras de arranjo paisagístico, o Campo Arqueológico de Mértola desenvolveu duas campanhas de escavações no interior do Castelo de Mértola, em 1996 e 2006. Nestes trabalhos foram postos a descoberto vestígios de vários períodos da vida no interior do edifício destacando-se interessantes estruturas e artefactos datados de cerca do ano 1000.

A intervenção arqueológica na Mesquita – Igreja Matriz de Mértola enquadra-se nos trabalhos de recuperação do edifício iniciados pelo IPPAR em 2003. As sondagens arqueológicas tiveram como objectivo diagnosticar possíveis problemas estruturais e averiguar a origem da humidade que estava a afectar o estuque original do séc. XII, assim como as causas do abatimento de uma parte do pavimento do Adro da Igreja. Esta intervenção foi também aproveitada para determinar a estratigrafia geral do subsolo do monumento e a existência de estruturas anteriores à mesquita almóada.

Em 2003, 2005 e 2006 o Campo Arqueológico de Mértola foi incumbido pela Câmara Municipal de Mértola de realizar escavações arqueológica na área de ampliação da Biblioteca Municipal. Esses trabalhos permitiram descobrir vestígios de um forno cerâmico do início da época moderna, um enterramento da Baixa Idade Média e uma série de contextos habitacionais islâmicos, sobrepostos a níveis que remontam ao período Romano – Republicano e à Idade do Ferro. Destaca-se uma muralha, possivelmente dos inícios do período romano, assim como o seu torreão, de grande monumentalidade, que se encontra em razoável estado de conservação, tal como uma outra muralha da Idade do Ferro sobre a qual não existem ainda cronologias precisas. Nesta zona da vila, dentro do recinto amuralhado da Idade Média, nunca se tinham encontrado níveis estratigráficos fiáveis de época Romana – Republicana e da Idade do Ferro, o que realça a importância da descoberta destas estruturas na zona de entrada na cidade.

No Monte Mosteiro, a cerca de 25 km da Vila de Mértola, existe uma construção que, pela sua traça arquitectónica, é identificável como pequeno edifício de culto. O eixo principal tem a orientação Este-Oeste comum nos templos cristãos. O monumento é constituído por dois espaços: a capela-mor absidada e o corpo principal, rectangular, sendo ambas, em termos construtivos, estruturas de alvenaria de pedra argamassada e revestida com o mesmo material. Intervenções arqueológicas realizadas nas imediações do edifício puseram a descoberto restos de mosaico do período romano e um conjunto de sepulturas talhadas na rocha. No interior da ermida foram encontrados vários enterramentos de crianças. O edifício foi alvo de um processo de conservação e recuperação, de forma a corrigir as patologias existentes, a recuperar a sua traça original e albergar um pequeno centro de interpretação. Neste processo de escavação e de recuperação participaram os alunos da Escola Profissional ALSUD de Mértola e técnicos do CAM.